Bu bir çok merkezde makroskopik TESE şeklinde yani testis dosundan büyük parçalar alıp bunları mikroskop altında inceleyip sperm arama işlemi şeklinde yapılmaktadır.
Son yıllarda bu yöntem yerine MİKROSKOPİK TESE işlemi daha fazla uygulanmaya başlamıştır. Bu yöntemde, diğerinden farklı olarak, işlem sırasında testis dokusu üzerine mikroskop getirilir ve dokular mikroskop ile görülerek, sperm bulma şansı yüksek olanlar çok küçük miktarda alınarak uygulanır.
Diğer TESE işlemine göre sperm bulma oranlarının çok daha yüksek olduğunu söyleyen yayınlar vardır. En önemlisi testis dokusuna daha az zarar vermektedir. Asian J Androl dergisinde 2007 eylül ayında çıkan bir yayına göre mikroskopik TESE işleminde testis dokusu içinde sperm bulma oranlarını %64 vermiştir. Ne yazık ki her sperm bulunan hastaya yapılan mikronejeksiyon işlemi sonucunda gebe kalınamamaktadır. Bu hastalara tekrar bir işlem yapılacağı zaman yine TESE işlemi uygulanmaktadır. Eskiden yapılan makroskopik TESE işleminde en az 6 ay beklenmesi gerekmektedir.
Bu da özellikle kadın yaşının yüksek olduğu hastalarda bir risk oluşturmaktadır. Bilim adamları bu işlemin mikroskopik TESE yardımı yapılır ise 3 ay aralar ile yapılabileceğini ispatlamışlardır. Böylece testis dokusunda çok az zarar verilmekte, tekrar sperm bulma işlemi yapıldığında yüksek oranda sperm bulunmaktadır.
Menisinde hiç canlı spermi olmayan hastaların tüp bebek merkezlerinde tedaviye başladıklarında mutlaka mikroskopik TESE işleminin yapılması, sperm bulma oranlarının yüksek olması, testis dokusunda çok az zarar vermesi açısından önemlidir.